Il programma dell'UNICEF in Cambogia intende agire contro quel che più minaccia la realizzazione dei diritti dei bambini e delle donne. 
 
Le priorità su cui lavora mirano a ridurre il tasso elevato di malattia e mortalità neonatale, dei bambini e delle madri; la malnutrizione - migliorando l'accesso ai servizi sanitari e nutrizionali e le conoscenze e competenze dei genitori e di altre persone che si occupano dei bambini. 
 
Garantire il diritto di ogni bambino a un'istruzione di qualità riducendo le disparità e le diseguaglianze tra ragazze e ragazzi. 

Rafforzare le capacità a tutti i livelli socio-istituzionali in materia di protezione sociale e giuridica del bambino e aiutare a ristabilire i servizi per i bambini oltre al reinserimento familiare e comunitario di coloro con bisogni particolari. 
 
Bloccare la diffusione dell'HIV/AIDS e ridurre l'impatto socio-economico dell'epidemia sui bambini, gli adolescenti, le famiglie attraverso programmi di prevenzione e iniziative in favore di persone ammalate di HIV/AIDS o di servizi destinati a loro. 
 
Promuovere la sopravvivenza dei bambini, il loro sviluppo, la loro protezione e la loro partecipazione attraverso attività di sensibilizzazione mirate e programmi di mobilitazione sociale.

Il programma di Azione comunitaria per i diritti dei bambini, che coinvolge un migliaio di villaggi e più di un milione di individui, ha per obiettivo di promuovere la partecipazione quotidiana dei cambogiani al loro proprio sviluppo.
 
Grazie a questo programma, l'UNICEF appoggia piani di azione nei villaggi interessati per migliorare la condizione dei bambini nelle comunità locali garantendo la presenza e la piena utilizzazione dei servizi di base per la salute, l'educazione, l'istruzione, l'acqua e i servizi igienico-sanitari.

Questi interventi regolari nell'ambito sanitario e nutrizionale, che l'UNICEF sostiene, comprendono un programma di vaccinazione estesa, centri di maternità accoglienti per le donne, la promozione dell'allattamento al seno o di pratiche nutrizionali adeguate per i bambini piccoli oltre agli interventi in caso di carenza di oligo-elementi.

Al livello nazionale l'UNICEF ha contribuito alla formulazione di politiche e di regolamenti che intendono migliorare la fornitura di servizi sanitari e nutrizionali, compreso un Piano quinquennale strategico per il settore sanitario (2003-2007) e il Piano cambogiano d'investimento nel settore nutrizionale (2003-2007).

Nel settore dell'istruzione, l'UNICEF incoraggia la scolarizzazione e una maggiore partecipazione delle comunità per offrire un'istruzione di qualità a tutti i bambini in età scolare.
Il programma mette l'accento sulla riduzione delle disuguaglianze nelle opportunità attraverso riforme politiche e interventi specifici.

Nell'ambito della protezione dell'infanzia, l'UNICEF collabora con il governo e altri partner per rivedere le leggi e altri quadri normativi e proporne di nuovi e vegliare alla loro applicazione in accordo con la Convenzione sui diritti dei bambini di cui la Cambogia è firmataria.

L'UNICEF, in partenariato con diverse ONG, si sforza di proteggere i bambini, salvarli e reinserirli quando sono vittime di abusi, sfruttamento e violenze, in particolare nelle zone urbane e di frontiera.

Il tasso di prevalenza dell'HIV/AIDS in Cambogia è passato dal 3,9% del 1997 al 2,6% del 2002, ma si consatata un aumento sostanziale della trasmissione dal marito alla sposa e dalla madre al figlio.

Per lottare contro questa tendenza, l'UNICEF si concentra sull'inserimento del test volontario di routine e il sostegno psicologico, oltre che sulla prevenzione della trasmissione da madre a figlio (PTMF), interessandosi particolarmente ai giovani, agli adolescenti e alle donne.

Si stima che in Cambogia siano 30.000 gli orfani dell'AIDS di età inferiore ai 15 anni, il programma dell'UNICEF agisce anche per aiutare i bambini colpiti da questa malattia.